西班牙人和葡萄牙人在中南美洲建立的殖民统治，给当地居民带来的是无尽的苦难。

他们出海寻找的，首先是黄金这样的贵金属。墨西哥和秘鲁之所以成为西班牙海外帝国的中心，就是因为几个世纪以来这里积聚了大量的黄金，用于统治者的宗教仪式和庆典。当黄金来源枯竭时，西班牙人又于1545年在秘鲁的波托西发现了银矿。几年后，在墨西哥的萨卡特卡斯也有了同样的发现。他们掠夺了大量的黄金、白银，以及当地具有历史价值的珍贵的金银工艺品，运回西班牙。

与此同时，西班牙人和葡萄牙人还在美洲广袤的土地上建立起大批农场和种植园，大面积种植棉花、甘蔗、烟草、咖啡等，并将产品运回国内。他们极其残酷地欧洲文明的轨迹役使印第安人，强迫他们在矿井和种植园从事过度繁重的劳作。这样的劳作，加以饥饿和疾病，造成了很高的死亡率。

造成更高死亡率的，是后来西方史学家所说的“病毒冲击”。印第安人对于伴随探险者和征服者而来的天花、麻疹、伤寒等病毒毫无免疫力，病毒感染造成了极为惊人的死亡率。哥伦布登陆时，加勒比海岛屿人口约600万，50年后，下降到仅剩几个人。墨西哥人口由于天花伴随其他疾病的流行，在不到一个世纪的时间里，人口减少90％多，由1700万锐减到130万。秘鲁人口从1570年的约125万，下降到1620年的仅50万。

据估计，1500至1800年之间，有一亿以上人口死于传播到美洲与太平洋岛屿的疾病。人口锐减造成劳动力不足，于是兴起了非洲黑奴贸易，将非洲的奴隶运往美洲，从事各种劳动。黑奴贸易最早是由葡萄牙人开始的，1518年后，西班牙商船也直接从非洲将奴隶运往美洲。

此后，奴隶贸易急剧扩展，成为连接非洲、欧洲和美洲的大西洋三角贸易的一个重要部分。欧洲商船（包括西、葡商船，也包括很快就加入进来的荷兰、英国、法国等国的商船）将枪支、布匹等运往非洲，交换当地的奴隶，再将奴隶运往美洲奴隶市场出售，所得款项用于购买烟草、糖、蜂蜜、朗姆酒、咖啡、皮棉等，再运回欧洲销售。到底有多少非洲奴隶被运往美洲，难有确切的统计，迄今仍是一个有争议的话题。但有两个数字没有争议，那就是，在16至19这三个世纪中，至少有1000万非洲黑奴被运往美洲，而奴隶在运输途中平均死亡率高达10％。

西方史家都承认，征服和毁灭美洲文明，以及对美洲的殖民统治，是欧洲国家在人类历史上写下的最黑暗的一页。