虽然考德威尔极限珠峰探险(CXE)收集到的数据已经很有价值，但并没有解释为什么有些人能很好地适应这样的高海拔，而有的人则不能。因此，研究团队在2013年开展了第二次考察：“极限珠峰二期”(XE2)。极限珠峰二期在先前的核心数据和资料的基础上，增加了对遗留的关键问题的解释和不同人群的比较。

于是，珠峰大本营再次变成了研究高原反应的实验室。研究小组在海拔5300米的珠穆朗玛峰南坳营地搭起了帐篷。在这期探险中，研究人员在这个荒凉的地方呆了83天，其中49天是在大本营。期间，医生在他们自己及200位志愿者身上进行了数千次测试，采集了4000多份血样。

2013年3-4月，研究小组的所有成员都登上了珠峰大本营。攀登前，他们进行了分组，分组是为了保证每一组成员在攀登的路线、处于低压缺氧的时间等因素全都一样，这样成员之间检测到的差异就只归因于个人的身体素质和机能了。攀登过程中，研究人员在攀到海拔3500米(南崎巴札)、5300米(珠峰大本营)及下降到1300米(加德满都)处时对全员进行了检测，获得的数据除了综合先前已有的数据资料，还有一些是先前没有检测的数据，比如骨骼肌样品中的细胞呼吸、一氧化氮代谢等。

对于第一次远征遗留下来、“极限珠峰二期”需要解决的问题，尤其是不同人对高海拔适应性的问题，研究小组特意邀请了夏尔巴人作为重要的小组成员一同参加。夏尔巴人是一个生活在喜马拉雅山脉的神秘群体，经过千万年的进化，他们对高海拔环境具有特殊的适应性。科学家想通过观察夏尔巴人和生活在低海拔居民对高原的不同适应性，来找到夏尔巴人的“秘密武器”。攀登前，夏尔巴人和其他人一样进行了对照样品的采集，只是他们是在尼泊尔的加德满都(海拔1300米)进行。